百邁客物種數據庫是一個將多組學數據高度整合、集成在一起，實現數據的瀏覽、查詢、再度挖掘的綜合性平臺。

為了更好的服務于科研，物種數據庫推出了V2.0版：不但可共享研究成果，而且通過后臺管理系統(tǒng)可以完成logo、文字描述、配色、單位等信息的修改，更重要的是可以實現新增數據的一鍵式部署。

更更重要的是，數據庫也可以發(fā)表高分文章哦！

百邁客物種數據庫核心功能介紹

標準版數據庫：http://bio-db-demo.biocloud.net/home

• Browse

標準版Browse模塊中共部署了7個子模塊進行核心數據的瀏覽，如Browse中的Annotation模塊，鏈接：http://tomato.biocloud.net/page/browse/Annotation

功能說明：

• 選擇物種
• 選擇所關心的注釋數據庫類型（默認是All）
• 輸入所關心的基因ID或者功能注釋關鍵字

• Search

標準版Search模塊中共部署了5個子模塊完成數據的查詢、檢索，如Search模塊中的Multicriteria Search，

鏈接：http://bio-db-demo.biocloud.net/page/search/multicriteriaSearch

功能說明：

• 選擇待檢索的變異類型，SNP ?或者 Indel
• 選擇在哪個版本的參考基因組中檢索結果
• 輸入檢索的染色體區(qū)域
• 輸入要檢索的基因ID
• 輸入要檢索的變異ID

注 3、4、5三個選項只能選擇一個哦！

• 選擇要在哪個品種中進行檢索
• 具體要檢索的Type類型
• 具體要檢索的基因型Genotype

點擊Search后，即可完成特定樣品在特定條件下的變異詳情信息了，結果中還包括了變異位點上下游20bp、及500bp的序列信息，便于用戶進行引物設計。

• Tools

標準版Tools模塊中共部署了8款工具用于對庫中多組學數據的進一步深度挖掘：

• 基于局部比對算法的搜索工具：Blast、Blat
• 基因組瀏覽器：Gbrowse、Jbrowse，用來展示各種基因信息，比如基因的外顯子內含子，比如轉座子和重復序列或者SNP/Indel
• 計算個體表型數據的工具：TRAIT
• 基因共表達網絡圖：Gene network
• 引物設計軟件：Primer Design
• 基因表達量熱圖：Expression Visualization

如Tools模塊中的Expression Visualization，

鏈接：http://bio-db-demo.biocloud.net/page/tools/expressionVisualization

功能說明：

• 輸入關心的基因ID，基因ID之前以逗號分隔
• 選擇特定個體、特定組織在特定處理條件下的樣品

點擊“Display Expression Heatmap”即可構建出表達量熱圖

• 后臺管理

通過管理員賬號登錄后臺后，不但可以編輯背景色、輪播圖、各個模塊的文字描述，而且底層數據也可以通過后臺進行上傳、管理。

再也不需要占用一個被灰塵落滿的硬盤存儲科研數據了；

再也不需要配備專業(yè)的美工去完成頁面背景色的修改了；

再也不需要哀求專業(yè)的IT開發(fā)工程師、運維工程師去完成底層數據的更新了（替換、追加隨您便）；

背景色的編輯：

Home頁內容編輯：

我們通過上面4部分內容，對百邁客物種數據庫的功能做了一個簡單的介紹。

如果想了解更多的功能，

如果想了解更多的后臺管理功能

如果您想為您的科研數據部署一個數據庫

請通過網站查看–http://bio-db-demo.biocloud.net/home

 

成功案例：

蝦數據庫：http://shrimp.biocloud.net

番茄數據庫：http://tomato.biocloud.net